Zalgiris ile ilk olarak 1993 yılında Kupa 1’de İkinci Eleme Turu’nda karşılaşan Anadolu Efes ilk maçta rakibini deplasmanda 77-60 mağlup etti. Lacivert beyazlılar ikinci maçı İstanbul'da 72-57 kaybetmesine rağmen averaj ile bir üst tura yükseldi.

İki ekibin 1999 yılında Kupa 1’de çeyrek finaldeki eşleşmesinde Zalgiris iki maçtan da galip ayrıldı.

Anadolu Efes ile Zalgiris Kaunas THY Avrupa Ligi 2012-13 sezonu ilk turunda rakibine iki kez mağlup olurken, aynı sezon Top 16 turunda oynanan ilk karşılaşmayı Anadolu Efes 56-52, ikinci karşılaşmayı ise Zalgiris 79-71 kazanan taraf oldu.Bu sezon ilk turun dördüncü haftada karşı karşıya gelen iki ekibin mücadelesinden 72-61’lik skor ile galip ayrılan taraf Anadolu Efes oldu.